A mensagem de erro do Beryl que me fez acordar para a razão do problema foi a seguinte:
beryl: decoration: property ignored because version is 20070319 and decoration plugin version is 20061011
Percebi que devia haver alguma incompatibilidade entre a versão do beryl e a do emerald ou coisa parecida. E realmente havia. O jeito foi achar uma denominador comum entre a versão do emerald, beryl e demais libs. Para fazer isso precisei fazer um downgrade da parada toda:
sudo apt-get install beryl=0.1.9999.2~0beryl1
beryl-core=0.1.9999.2~0beryl1
beryl-manager=0.1.9999.2~0beryl1
beryl-plugins-data=0.1.9999.2~0beryl1
beryl-settings=0.1.9999.2~0beryl1
beryl-settings-bindings=0.1.9999.2~0beryl1
emerald=0.1.9999.2~0beryl1
libberyldecoration0=0.1.9999.2~0beryl1
libberylsettings0=0.1.9999.2~0beryl1
libemeraldengine0=0.1.9999.2~0beryl1
emerald-themes=0.1.9999.2~0beryl1 -V
O engraçado é que ontem de madrugada, depois que fiz o downgrade, não funcionou. Mas isso porque eu tinha configurado meu Beryl Manager para utilizar o Window Manager do Compiz, pois este funcionava bem. Contudo, com essa versão mais antiga do beryl, o Compiz parou de funcionar. Mas isso não tentarei consertar, ninguém precisa desse Compiz. Bastou então setar no Beryl Manager o Beryl como Windows Manager para tudo funcionar.
Olha a foto de como ficou meu cubo :)
Cada dia que passa me convenço mais da facilidade do Windows. Mas até que é divertido brincar com esse Ubuntu.