Para facilitar então a nossa vida aqui na empresa, fiz uma contribuição (com pouca esperança de ser aceita pois o projeto está parado a dois anos) para que seja possível obter os resultado de forma recursiva. Com esta contribuição é possivel informar o parâmetro -r que analisará recursivamente todos os arquivos .py dentro de um diretório.
$ pygenie complexity mylib -r
Se dentro de seu projeto houver algum arquivo ou diretório que você não deseja que seja analisado você pode utilizar um outro parâmetro adicionado, o -e, onde você informar um pattern para ser excluído. Por exemplo se houver um diretório de testes:
$ pygenie complexity mylib -r -e tests
Caso você deseje utilizar desde já pode instalar o pygenie através do meu fork e neste meio tempo tentar incentivar nosso amigo Matthew Von Rocketstein a aceitar o pull request.
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